Υπάρχει η δυνατότητα τροποποίησης στις κατηγορίες του προϋπολογισμού, εάν στην υλοποίηση του επενδυτικού σχεδίου υπάρχουν αυξομειώσεις μεταξύ των 7 βασικών κατηγοριών δαπανών άνω του ποσοστού 20% χωρίς, όμως, να μεταβάλλεται ο συνολικός προϋπολογισμός του επενδυτικού σχεδίου, και με την προϋπόθεση το αίτημα τροποποίησης να έχει κατατεθεί πριν από την λήξη του επενδυτικού σχεδίου.